Mae WHELF wedi sefydlu nifer o grwpiau i helpu i roi cyngor arbenigol a chefnogi WHELF yn ei dasgau cydweithredol. Ymhlith y grwpiau WHELF mae:
- Archifau a Chasgliadau Arbennig
- Gwasanaethau Cwsmer
- Cydraddoldeb, Amrywiaeth a Chynhwysiant
- Dysgu ac Addysgu
- System Rheoli Llyfrgell
- Metadata
- Ymchwil
- WHEEL+ (Llyfrgell Adnoddau Electronig Addysg Uwch Cymru)
Mae gan bob grŵp gynrychiolaeth o aelod lyfrgelloedd WHELF ac maent yn cwblhau cylch gorchwyl sy’n nodi aelodaeth ac amcanion. Hefyd mae gan bob grŵp Gadeirydd i gynnal a chydlynu cyfarfodydd a dosbarthu tasgau i aelodau’r grŵp. Caiff gwaith y grwpiau ei gyfarwyddo gan Gynllun Gweithredu WHELF ac yn ei dro cyfeiria’r grwpiau unrhyw faterion i’w trafod at WHELF.